Los registros fósiles indican que el ciervo rojo existe hace más de 13 millones de años. La forma en que han logrado sobrevivir hasta la actualidad no se conoce completamente, pero hay estudios que afirman que antes eran mucho más grandes de lo que son hoy. La capacidad para integrarse en su entorno se cree que es una característica producida por la evolución y que fue tomando fuerza a medida que se volvieron más pequeños y más vulnerables ante los depredadores. Algunos investigadores consideran que las poblaciones europeas presentan una estructura filogeográfica con tres linajes mitocondriales, occidental, oriental y mediterráneo, que sugiere aislamiento en refugios separados durante la última glaciación. El linaje occidental podría haberse originado en un refugio ibérico y el linaje mediterráneo en Cerdeña o en el norte de África (Skog et al., 2009) En cambio, otros solo consideran dos clados diferenciados en Europa, uno formado por los linajes del Cerdeña y el norte de África y otro formado por los linajes occidental y oriental. El linaje occidental está formado por dos grupos, por un lado, las poblaciones del oeste de la península Ibérica (Extremadura) y por otro las poblaciones del centro y sur de la península Ibérica y del norte de Europa. La diferenciación entre los linajes oriental y occidental habría tenido lugar hace 227.000 años. La diferenciación entre el grupo occidental ibérico y el resto habría tenido lugar hace 109.000 años (Fernández-García et al., 20143; Carranza et al., 2016) Las poblaciones originales más orientales son las del Tíbet y el Turquestán, y las más occidentales las del sur de Portugal (Geist, 1998). Existe actualmente una fuerte controversia en cuanto a la taxonomía del género Cervus, que se distribuye en todo el Hemisferio Norte (Norte América, Europa y Asia); en la Primera Conferencia Internacional del género Cervus realizada en el 2007 en Italia, González señala la compleja situación dentro del Deer Specialist Group de la IUCN, donde algunos autores reconocen 6 y otros hasta más 20 especies, que se diferencian entre sí por el tamaño, longitud y color del pelo y forma de la cornamenta.
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